Genetic diversity of phytoplasmas identified in peach (Prunus persica) accessions at the Canadian Clonal Genebank.
Notice bibliographique
Résumé
Peach [Prunus persica (L.) Bastch] is mainly cultivated in Canada in Ontario province (82% of national production). A variety of symptoms typical of a phytoplasma infection were observed some of the 83 P. persica accessions during June-August 2009 at the Canadian Clonal Genebank. PRU0430 (‘HW274’, from Canada), PRU0380 (‘GF305’ from France), PRU0334 (‘RedSkin’ from USA), PRU0155 (‘Harblaze’, from Canada) and PRU0375 (‘Babygold #5’, from USA) showed decline, leaf reddening, yellowing, shortening of internodes, witches’ broom and reduced fruit size; while ‘PRU0382’ (peach-almond ‘Kando’ from the Czech Republic) and PRU0445 (peach ‘HW271’ from Canada) exhibited peach rosette-like symptoms. Leaf samples from symptomatic and symptomless plants were collected and total DNA was extracted. Phytoplasma universal 16S rRNA primers, R16mF2/R1 and R16F2n/R2 and fU5/rU3 were used in nested PCR assays. R16F2n/R2 nested PCR products were obtained for ‘PRU0430’, ‘PRU0380’, ‘PRU0155’, ‘PRU0334’ and ‘PRU0375’; while fU5/rU3 PCR products were obtained for ‘PRU0382’ and ‘PRU0445’. Plants lacking symptoms yielded no PCR products. Amplicons were purified, cloned, and sequenced. BLAST analysis showed that R16F2n/R2 sequences (GU223903) were 99% identical to 16S rRNA phytoplasma sequences for group 16SrVII ‘Candidatus Phytoplasma fraxini’, while those from fU5/rU3 amplicons (GU223904) shared 99% identity with those of group 16SrI ‘Candidatus Phytoplasma asteris’. AluI, RsaI and MseI RFLP analysis yielded profiles consistent with those of phytoplasma in subgroups 16SrVII-A and 16SrI-B, respectively. To our knowledge, this is the first report of a 16SrI-related phytoplasma in peach in Canada, and the first world report of a 16SrVII-related phytoplasma strain identified in peach after a case in southern Italy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».