Genetic diversity of phytoplasmas identified in peach (Prunus persica) accessions at the Canadian Clonal Genebank.
Notice bibliographique
Résumé
Peach [Prunus persica (L.) Bastch] is mainly cultivated in Canada in Ontario province (82% of national production). A variety of symptoms typical of a phytoplasma infection were observed some of the 83 P. persica accessions during June-August 2009 at the Canadian Clonal Genebank. PRU0430 (‘HW274’, from Canada), PRU0380 (‘GF305’ from France), PRU0334 (‘RedSkin’ from USA), PRU0155 (‘Harblaze’, from Canada) and PRU0375 (‘Babygold #5’, from USA) showed decline, leaf reddening, yellowing, shortening of internodes, witches’ broom and reduced fruit size; while ‘PRU0382’ (peach-almond ‘Kando’ from the Czech Republic) and PRU0445 (peach ‘HW271’ from Canada) exhibited peach rosette-like symptoms. Leaf samples from symptomatic and symptomless plants were collected and total DNA was extracted. Phytoplasma universal 16S rRNA primers, R16mF2/R1 and R16F2n/R2 and fU5/rU3 were used in nested PCR assays. R16F2n/R2 nested PCR products were obtained for ‘PRU0430’, ‘PRU0380’, ‘PRU0155’, ‘PRU0334’ and ‘PRU0375’; while fU5/rU3 PCR products were obtained for ‘PRU0382’ and ‘PRU0445’. Plants lacking symptoms yielded no PCR products. Amplicons were purified, cloned, and sequenced. BLAST analysis showed that R16F2n/R2 sequences (GU223903) were 99% identical to 16S rRNA phytoplasma sequences for group 16SrVII ‘Candidatus Phytoplasma fraxini’, while those from fU5/rU3 amplicons (GU223904) shared 99% identity with those of group 16SrI ‘Candidatus Phytoplasma asteris’. AluI, RsaI and MseI RFLP analysis yielded profiles consistent with those of phytoplasma in subgroups 16SrVII-A and 16SrI-B, respectively. To our knowledge, this is the first report of a 16SrI-related phytoplasma in peach in Canada, and the first world report of a 16SrVII-related phytoplasma strain identified in peach after a case in southern Italy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».