Innate antiviral-like immune responses differ among divergent European and North \nAmerican farmed and wild Atlantic salmon (Salmo salar) and their hybrids
Notice bibliographique
Résumé
This thesis involved a study of the effect of North American (NA) farmed, European \norigin (EO) farmed, wild, and related hybrid cross types on the innate antiviral-like immune \nresponse in Atlantic salmon (Salmo salar). Since the 1970s, millions of farmed salmon have \nescaped causing concern about how interbreeding with wild salmon may affect wild populations. \nFarmed and wild salmon differ genetically, yet the immune responses of farmed-wild hybrids are \nnot well understood. In Newfoundland, permission has been granted to start farming an EO \nstrain in addition to the current NA strain from the Saint John River. As these strains differ \ngenetically and geographically, there is concern about potential differences in immune responses. \nHence, I used real-time quantitative polymerase chain reaction (qPCR) with head kidney \ntemplates to measure expression of seventeen antiviral and other immune-relevant biomarker \ngenes (i.e., dhx58, gig1a, helz2, ifna, ifng, irf1a, irf7b, isg15a, mxb, pgds, rsad2a, rsad2b, stat1a, \nstat1c, tlr3, tlr7, and 5loxb) to assess the innate antiviral-like immune responses [i.e. to \nintraperitoneal (IP) injection with polyriboinosinic polyribocytidylic (pIC)] of six different \nAtlantic salmon cross types including pure crosses (i.e. NA, EO, and local Northeast Placentia \nRiver Wild) and three related hybrid crosses. Cross type abbreviations are as follows: pure Wild; \npure European farmed (Farm.EO); pure North American farmed (Farm.NA); wild female crossed \nwith Farm.EO male (Hyb.EO w♀); Farm.EO female crossed with wild male (Hyb.EO F♀); and \nFarm.NA female crossed with wild male (Hyb.NA F♀). At a basal transcript expression level, \nonly one gene (pgds) showed significant cross type differences, where Hyb.NA F♀ had \nsignificantly higher expression than the Wild and Hyb.EO F♀. After pIC injection, fifteen of the \nseventeen target genes (i.e. all except pgds and 5loxb) were significantly upregulated. In \naddition, there were significant cross type differences in transcript expression of ifna, isg15a, rsad2a, and rsad2b 24 hours post-injection, but only for pIC-injected fish and not the control fish \n(i.e., sterile phosphate buffered saline injected). The transcript expression of ifna was \nsignificantly higher in Farm.EO compared to Wild, Hyb.EO F♀, and Hyb.NAF♀, and also higher \nin Farm.NA than Wild. The transcript expression of both isg15a and rsad2a was significantly \nhigher in Farm.EO and Hyb.EO W♀ than Wild and Hyb.NA F♀. Lastly, the transcript expression \nof rsad2b was significantly higher in Hyb.EO W♀ than Wild. This experiment identified important \ndifferences in innate antiviral-like response among wild, farmed and related hybrid Atlantic \nsalmon. The results from this study support the hypothesis that interbreeding of wild and escaped \nfarm salmon may modulate the innate immune responses of the hybrid progeny compared with \nthe wild parents. They also suggest that hybridization may not negatively impact the innate \nimmune response in Atlantic salmon and therefore interbreeding resulting from escape events \nmay not pose a threat to the innate immune response of wild populations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».