Mechanisms for HIV persistence during effective treatment
Notice bibliographique
Résumé
Despite antiretroviral therapy (ART) that suppresses HIV replication to below the limit-ofquantification of commercial assays, small numbers of virions can often still be detected in the plasma, termed residual viremia (RV).The cells producing infectious RV must be eliminated to cure the infection.The dynamics of RV production was characterized by determining viral C2V5env sequences from longitudinally-derived plasma specimens, comparing RV sequences to those from replicating viruses in pre-ART plasma, in quantitative viral outgrowth assays (QVOA) of virus present in CD4+ T cells collected during ART, and in plasma from post-ARTinterruption. Specimens from the time of acute infection and spanning more than 13 years of infection were examined from 3 participants in which ART was initiated after ~3 or more years of infection.Following ART-suppression for ~7 years, participants self-initiated ARTinterruptions.RV was found to be composed of varying fractions (8-84%) of monotypic (i.e., clonally-derived) versus unique HIV genotypes that were most closely related to viruses produced throughout the pre-ART period, and these monotypic RV variants persisted for a median of 3 years (range:0.3-8.2) of ART-suppression.RV sequences were found to be identical to replicating viruses found during pre-ART and infectious variants induced in QVOA and rebound viremia (n=21/154 (14%)) across the 3 participants.The frequency of RV variants during ART was not always predictive of the composition to rebound viremia after ARTinterruption.These findings are consistent with a dynamic "active" HIV reservoir during ART that can contribute to the rekindling of infection upon ART interruption.The persistence of monotypic RV variants over time suggests that the cells producing these virions either resist immune clearance or represent the occasional emergence from latency of only subpopulations of clonally proliferating, infected cell populations, which are only slowly cleared over time.i
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,017 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».