Oligonucleotide microarray analysis of chromosome-X gene expression in human epithelial ovarian cancer cell lines
Notice bibliographique
Résumé
Microarray expression analysis was applied as an approach for identifying cancer-related genes on chromosome-X (CHR-X) in epithelial ovarian cancer (EOC). The Hu6800 and U133A GeneChipsRTM were used to evaluate the expression of 446 CHR-X genes in an in vitro EOC model system comprising 4 EOC cell lines and 12 primary cultures of normal ovary surface epithelia. Fifty-one new candidate CHR-X genes were identified in addition to 49 genes previously implicated in cancer. Many genes map to regions with frequent genetic aberrations in EOC tumours, or interact with the known EOC tumour suppressors BRCA1 and BRCA2. Candidate genes described in this study may provide novel markers for histopathological subtypes, or the tumourigenic potential of EOC tumours. The X-inactive-specific-transcript (XIST) was absent in two highly tumourigenic EOC cell lines, TOV21G and TOV112D. XIST mRNA is important for the stability of X-chromosome-inactivation (XCI), as its absence destabilizes the silencing of genes on the inactive-X. Aberrant bi-allelic expression of FHL1, a gene subjected to XCI was detected in the cell line TOV21G but not in the cell line TOV112D. Genotyping assays using polymorphic microsattelite markers suggested that TOV21G has retained heterozygosity of CHR-X. The majority of alleles tested for TOV112D were consistent with loss of heterozygosity of CHR-X. Taken together these findings are consistent with two proposed mechanisms mediating XIST loss-of-expression in cancer: (1) Duplication of the active-X followed by loss of the inactive-X (TOV112D); or (2) Reactivation of the previously inactive-X (TOV21G).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».