Population structure of bigmouth buffalo (Ictiobus cyprinellus) across Canada and the United States
Notice bibliographique
Résumé
Bigmouth Buffalo (Ictiobus cyprinellus) is an understudied large-bodied fish species that can live over 120 years, native to central North America. Bigmouth buffalo’s distribution ranges from Saskatchewan, Canada, to the Gulf of Mexico, and are particularly widely distributed within the Mississippi River basin in the US. Within Canada, they are divided into two populations: the Saskatchewan-Nelson River population in the Canadian prairies, and the Great Lakes-upper St. Lawrence River population in Ontario. The Saskatchewan-Nelson River population is listed as a species of special concern due to observed declines within the Qu’Appelle River, understanding if there is genetic mixing between Saskatchewan and Manitoba was one of the research priorities recommended in the 2019 species at risk management plan. Furthermore, bigmouth buffalo have become a popular sport fish in the US but lack harvest limits across most of the US. This study aimed to resolve the lack of population genetic structure of bigmouth buffalo across much of their range. I used restriction site-associated DNA sequencing to examine signatures of population divergence across five geographic areas, Minnesota and Missouri in the US, and Ontario, Manitoba, and Saskatchewan in Canada. Filtering of raw data followed the de novo stacks pipeline with a final data set of 12,071 single nucleotide polymorphisms (SNPs). I analysed the genetic data with observed and expected heterozygosity’s, inbreeding co-efficient, pairwise and population specific Fst, principal components analysis, admixture analysis, analysis of molecular variance, effective population size, SNPs under selection, and assignment accuracy to population of origin. I found evidence for population structure between the five locations with unidirectional admixture from Saskatchewan to Manitoba. Bigmouth buffalo had low genetic diversity suggesting an ancestral population bottleneck during the last glacial period or small recolonizing populations leading to founder effects in the populations following glacial retreat and re-colonization. Furthermore, I found low effective population size for this species, common in species like bigmouth buffalo that display episodic breeding, high fecundity, iteroparity, and low survivorship to age of maturation. These results have important implications for bigmouth buffalo management and provides an initial assessment of the population structure throughout much of their native range.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».