Prevalence and risk factors for antimicrobial resistance in generic fecal Escherichia coli isolated from Alberta finishing swine
Notice bibliographique
Résumé
The objectives of this thesis were to investigate the prevalence of antimicrobial resistance (AMR) in generic fecal 'Escherichia coli' on 90 Alberta finishing swine farms; to evaluate the associations between AMR prevalence and patterns in 'E. coli' and 'Salmonella' spp. isolates recovered from identical fecal samples; and to assess the association between on-farm antimicrobial use (AMU) and AMR in 'E. coli.' All 1,322 'E. coli' isolates were susceptible to the antimicrobials on the test panel considered highly important to public health - third generation cephalosporins and ciprofloxacin. Higher frequencies of resistance were observed to tetracycline (78.9%), sulfisoxazole (49.9%), and streptomycin (49.6%); consistent with previous studies in swine and surveillance data. Resistance to individual and multiple antimicrobials was detected more frequently in 'E. coli' than 'Salmonella' isolates. No significant association was observed between the resistance phenotypes of 'Salmonella' and 'E. coli' at the isolate level. AMU, especially in-feed and in combinations such as chlortetracycline-sulfamethazine-penicillin, predominantly in finishers, was associated with increased risk of resistance to individual and multiple antimicrobials in fecal 'E. coli.' The observed associations between AMU and AMR, and frequent resistance to individual and multiple antimicrobials in fecal 'E. coli' emphasize the need for prudent use of antimicrobials in swine production in Alberta and in general.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».