Species diversity of Fusarium head blight and deoxynivalenol (DON) levels in western Canadian wheat fields and generating Leptosphaeria maculans isolates carrying single avirulent (Avr) genes
Notice bibliographique
Résumé
Wheat and canola are two major economically important food crops grown in western Canada, accounting for billions of dollars in revenue. Fusarium head blight (FHB) in wheat and blackleg in canola are the most destructive diseases that cause economic losses annually. Both diseases are caused by fungal pathogens, where FHB is primarily caused by Fusarium graminearum, while Leptosphaeria maculans causes the blackleg disease. This project's first objective is to evaluate the Fusarium species diversity and deoxynivalenol (DON) levels in western Canadian wheat fields in 2019 and 2020. The analysis of deoxynivalenol (DON) revealed that spring wheat grain contained higher DON levels than winter wheat grain samples. Additionally, for spring wheat, a significantly lower DON content was found in the grain than in the chaff collected from the same wheat heads for both years. The species diversity analysis showed that F. graminearum was the most frequent Fusarium species found in the infected samples except the samples from Alberta, while the highest percentage of F. graminearum was found in the spring wheat samples from Manitoba. The analysis of chemotype diversity of infected samples showed that 3ADON is the dominant chemotype in FHB disease. For the blackleg disease, a growing concern among blackleg researchers is that resistance (R) genes are identified, the same gene as two different genes by two independent laboratories, as not all research laboratories use a standard set of well-characterized isolates. To standardize the R gene identification and novel R gene discovery, the second objective of this thesis is to develop a procedure to generate L. maculans isolates that only carry a single avirulent (Avr) gene. Mating between two L. maculans isolates showed less efficiency in achieving the above objective. Thus, gene editing with the clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR)/Cas9 was utilized. Seven transformed isolates displayed reduced virulence on the canola cultivar Westar, even though they were not mutated at the target gene.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».