Transposon mutagenesis of «Mycobacterium avium» subsp. «paratuberculosis» to investigate potential pathogenicity islands
Notice bibliographique
Résumé
Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) is the causative agent of Johne's disease, a highly prevalent chronic intestinal disease of cattle. It is also the putative cause of Crohn's disease, a chronic inflammatory bowel disease of humans. The MAP genome contains six segments of DNA called large sequence polymorphisms (LSPP) that are not present in its closest evolutionary relatives and were probably acquired through horizontal gene transfer. Together, they comprise 125kb, or 2.5% of the MAP genome, and contain 96 open reading frames. A detailed analysis of MAP evolution led us to hypothesize that the LSPP are pathogenicity islands, encoding genes important for MAP survival or replication in the host. To test this hypothesis, we generated a 5,000-member transposon-mutant library in MAP K-10 and developed a PCR screening method to identify potential mutants of LSPP genes. We succeeded in isolating a mutant of MAP3776c, which encodes a putative zinc siderophore. It is part of a putative five-gene zinc uptake operon that occupies almost the entirety of the insertion sequence, LSPP15. The MAP3776c mutant does not appear to have in vitro growth defects, and it is able to colonize the livers and spleens of C57Bl/6 mice within one week of intraperitoneal infection. Upcoming data from an ongoing, long-term experiment will determine whether the mutant has altered ability to persist in mice. The mutant of MAP3776c and the transposon-mutant library are useful tools for research on MAP genomics and pathogenicity that might ultimately contribute to improvements in vaccines and immunodiagnostics for Johne's disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».