Use of environmental DNA to investigate the distribution of microcystin-producing Microcystis in Eastern Ontario
Notice bibliographique
Résumé
The emergence and persistence of algae blooms, comprising multiple toxicity-producing cyanobacteria genera, pose great threats to aquatic environments, to many native species, and to human health. In Ontario, cyanobacteria blooms were reported from across the province spanning 2009 to 2014, mainly occurring in Eastern Ontario as well as the southeastern part of Northern Ontario. Eastern Ontario is predicted to face increasing risk of cyanobacteria blooms in the future. microcystin-producing Microcystis is one of the dominant toxin-producing cyanobacteria genera, which presents many of the most significant challenges for water quality and public health. In this study, I develop and test a quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) and environmental DNA (eDNA) approach to assess the distribution of microcystin-producing Microcystis in Eastern Ontario and estimate potential toxicity in 43 water bodies sampled in the summer of 2017. The qPCR assay was used to detect the Microcystin synthetase gene E (mcyE gene) in water samples. The limit of detection of qPCR was 3.06E+05 copies/L for mcyE. microcystin-producing Microcystis was detected in 28 out of total 43 water bodies. My research proved that a qPCR assay developed to target Microcystis gene fragments was specific and efficient for rapid detection of Microcystis and for diagnosing its toxicity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».