The transcriptional analysis of the macrophages' innate immune responses to «Salmonella typhiumurium and Legionella pneumophila» infection
Notice bibliographique
Résumé
Macrophages are the first line of defense against microbial pathogens; they recognize microbial structures and products via surface receptors (Fc, C3b, SR, TLR) and intracellular antigen sensors (NLR family). Engagement of surface receptors results in phagocytosis of the microbe into a specialized vacuole, the phagosome. Through a series of fusogenic events, the phagosome matures into a fully microbicidal phagolysosome that is highly acidic and contains a number of degradative enzymes and toxic molecules that cause destruction of the microbe. Salmonella typhimurium (S. typhimurium) and Legionella pneumophila (L. pneumophila) are two pathogenic Gram-negative bacteria that are able to block phagosome maturation. Our hypothesis is that the macrophages' response to these pathogens contains a core response, which is induced by both pathogens, as well as a pathogen-specific response. We used a genome-wide transcription profiling approach to compare macrophage responses to phagocytosis of S. typhimurium or L. pneumophila at early time points, 2h (T2) and 4h (T4) post-infection (p.i.). The infections were performed on the macrophage-like cell line J774, and RNA isolated from infected and non-infected cells was hybridized to Mouse WG6 Illumina microarrays. Pairwise analysis led to the identification of 159 genes differently regulated compared to Non Infected (NI) samples in response to L. pneumophila infection at T2, 148 genes at T4 and 192 genes differently regulated in response to S. typhimurium at T2, and 402 genes at T4. Comparative analysis identified three groups of genes: 164 (T2) and 347 (T4) "Salmonella typhimurium-specific" genes, 131 (T2) and 99 (T4) "Legionella pneumophila-specific" genes. This analysis also revealed that 28 (T2) and 49 (T4) genes were differentially expressed in response to both pathogens. A list of 27 genes was validated using quantitative RT-PCR. Networking programs, including STRING or Pathvisio were used to generate 3 interaction networks illustrative of these three groups of genes. Our results clearly show that TNF-α is associated with the macrophage response to both infections, with this gene playing a central role in this pathway. The Legionella specific pathway is centered on Egr1, Fos and Jun whereas the Salmonella specific pathway has 3 nodes centered on Il10, Il6 and Ccnd1.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».