Variability of microbial taxonomic and functional diversities across management boundaries in a boreal podzol
Notice bibliographique
Résumé
Land capability classification describes boreal podzols as soils with severe to moderately severe \nlimitations that restrict the capability of the land to produce crops. Nevertheless, they are used \nfor crop production and it is predicted that more boreal podzols will be converted from forestry \nuse to agricultural uses. This usually requires intensive conservation and fertility improvement \npractices aimed at correcting the excessively low pH and improving soil carbon parameters. \nUnder such management, it is expected that the biotic parameters and drivers of soil fertility \nwould be drastically affected. It is hypothesized that mass and energy fluxes across the edge of a \ncropped field, between natural and managed conditions of soil, will alter the diversity of \nmicrobial populations and their fertility relevant functions. \nTo verify this, I surveyed a cropped field and its immediate surrounding areas, located within a \nBoreal Forest Ecosystem in Western Newfoundland. The surrounding areas, outside the four \nfield edges covered four distinct non-cropped conditions, i.e. forested, wetland, grassland and \ngrassed farm road border. Bacterial taxonomic diversity was assessed via a 16S rRNA obtained \nthrough an Illumina MiSeq PE 250bp amplicon sequencing of the V4 hypervariable region. \nFungal taxonomic diversity was assessed on an ITS dataset obtained through an Illumina MiSeq \nPE 250bp amplicon sequencing of the ITS1-2 region. A predictive functional profiling of the \nbacterial community, based on the 16S rRNA results (PICRUSt) was then carried out. Results are \ncontextualized by standard abiotic soil parameters and compared to potential nitrogen mineralization rates \nalong a management intensity gradient, i.e. a gradient crossing from natural to cropped conditions. Both \nsurface and subsurface layers were considered. Standard and exploratory statistics were carried out and \nincluded an analysis of ecological indicators for population diversity. Statistical analysis was carried out \nseparately on soil physicochemical properties, microbial taxonomic diversity, and microbial functional \ndiversity. Correlational analyses between microbial diversity and physicochemical properties and were \ncarried out separately. It was found that, while the natural conditions tested had distinct diversities, the \nresults became increasingly similar towards the field centre, away from the natural edge. Thus, land \nmanagement affects the taxonomic and functional diversity of microorganisms and also found \nthat the shift in taxonomic and functional diversity is directly related to the distance from the \nnatural areas.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».