Analysis of CYP81F2-A10, a potential candidate gene for the broad spectrum defense to Leptosphaeria maculans in Brassica napus L.
Notice bibliographique
Résumé
Canola (Brassica napus L.) is an economically important crop for producers in Canada and the ability to reduce disease causing yield loss is necessary for the longevity of the crop. A major disease that impacts canola production is blackleg, caused by the fungal pathogen Leptosphaeria maculans (Desm.) Ces. Et de Not. The understanding of how both quantitative and qualitative resistance to this disease works is vital to disease management. In this thesis, the response of the candidate gene CYP81F2-A10 (homolog of the Arabidopsis thaliana (L.) Heynh gene CYP81F2), and the 4-methoxy-indole-3yl-methyl-glucosinolate concentration upon infection examined using three B. napus near-isogenic lines (NILs) of Westar containing the allele CYP81F2-A10_Surpass400, and wild type, Westar containing the allele CYP81F2-A10_Westar. Plants were inoculated with either L. maculans (Isolate 87-41) or mock control (H2O). Relative to Westar, the NILs showed the first sign of suppression in pathogen growth and development at 6 days post inoculation (DPI). Full cDNA sequencing of CYP81F2-A10 revealed that CYP81F2-A10_Surpass400 contained a singular point mutation, resulting in an amino acid change. Analyses of transcript levels by RT-qPCR revealed that all lines showed upregulation of CYP81F2-A10 upon inoculation with L. maculans. The NILs showed gradual upregulation of the 4-methoxy-indole-3-yl-methyl-glucosinolate in response to inoculation with L. maculans, and two NILs (HN7 and NJ11) showed a significant difference from both their mock control treatment and inoculated Westar at 6 DPI. Westar did not show the same gradual increase in 4-methoxy-indole-3-yl-methyl-glucosinolate until 8DPI, where this increase did not correspond with pathogen suppression. This study suggests that the candidate gene CYP81F2-A10 is involved in the upregulation in 4-methoxy-indole-3-yl-methyl-glucosinolate in response to L. maculans inoculation in the early stages of infection. Furthermore, this type of interaction is associated with broad spectrum resistance and is non-specific to Avr genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».