Analysis of Enterovirus evolution in Canada over a 23-year period
Notice bibliographique
Résumé
The non-polio Enteroviruses (NPEV) cause a glut of severe diseases which are especially burdensome in the pediatric population. This study uses a novel approach to evaluate the relationship between recombination amongst non-polio enteroviruses and circulation. The National Centre for Enterovirus (NCEV) surveillance system showed that from 1991-2013 there were 2628 Enterovirus positive samples surveyed including 2167 (83.9%) Enterovirus B strains, 326 (12.6%) Enterovirus A strains, 85 (3.3%) Enterovirus D strains and 5 (0.2%) Enterovirus C strains. Echovirus 30 (Enterovirus B) was the most prevalent serotype followed by Coxsackievirus A16 (Enterovirus A) followed by several other Enterovirus B serotypes. To evaluate the genetics of these species 269 strains from 17 Enterovirus B serotypes, 2 Enterovirus A serotypes and 1 Enterovirus D serotype were chosen for full genome sequencing. These serotypes were representative of 93.4% of Enterovirus B strains, 91.1% of Enterovirus A strains, and 100% of Enterovirus D circulating. Phylogenetic analysis was used to genotype strains and used to identify hundreds of recombination events between serotypes. Comparisons between VP1 average pairwise identities between serotypes and recombination events did not show a definitive association between the two. However, a significant association between temporal co-circulation and recombination events was identified, as well as an association between geographic co-circulation and recombination events. Enterovirus B genotypes were evaluated chronologically by serotype and compared to surveillance data to test the hypothesis that outbreaks were associated with recombination events. However, outbreaks strains were identified in years preceding the outbreaks and identified recombination events were not associated with any outbreaks. Recombination events between Canadian strains within the Enterovirus A species or the Enterovirus D species were not found. This study presents new information about the dynamics of NPEV circulation and recombination. It also highlights complexities of genetics analyses through genotyping and tracking genotypes through the surveillance period. Finally, this study sets the stage for future pairings of full genomic analyses with surveillance and stresses the importance of continued surveillance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,008 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».