The BCL11B cancer gene codes for an accessory factor in base excision repair
Notice bibliographique
Résumé
Increased DNA repair efficiency, in particular of the base excision repair (BER) pathway, is essential to the survival of many cancer cells.BER not only enable cancer cells to resist to genotoxic treatments, but also to proliferate in the presence of elevated reactive oxygen species (ROS) produced by cancer-associated metabolic changes.Previous work from the laboratory demonstrated that CUX1 is required for the survival of Ras-driven cancer cells because it functions as an auxiliary factor in DNA repair, stimulating the enzymatic activities of core BER enzymes, OGG1, APE1, and DNA Pol β.OGG1 is a bifunctional DNA glycosylase that initiates the repair of oxidized purines by removing the faulty base; APE1 is an endonuclease that generates single-stranded DNA breaks at apurinic/apyrimidinic (AP) sites; and DNA Pol β is responsible for synthesizing the removed base.Our laboratory had launched a project to identify the full repertoire of accessory factors for other BER enzymes, with my project focusing on NTHL1, a DNA glycosylase that initiates the repair of oxidized pyrimidines.Using the BioID approach, we curated a list of potential candidates by identifying proteins that come into close contact with NTHL1 in the cell.After a thorough literature review, we focused our investigation on one protein, B-cell lymphoma/leukemia 11B (BCL11B).The purified BCL11B protein was found in vitro to stimulate the enzymatic activities of NTHL1.Structure/function analysis identified distinct BCL11B regions responsible for DNA binding and the stimulation of NTHL1.Consistent with the results of in vitro BER assay, BCL11B knockdown caused a decrease in DNA repair and an increase in DNA damage.BCL11B has previously been characterized as a haplo-insufficient tumor suppressor gene.Paradoxically, BCL11B is overexpressed in many cancer cells and its knockdown is synthetic lethal in T cell lymphomas.BCL11B's transcriptional activities fail to explain these contradictory observations.I propose that the DNA repair I would first like to thank my supervisor, Dr.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,016 | 0,008 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».