Conservation Genomics of the Long-tailed Duck
Notice bibliographique
Résumé
With increasingly warming climate, many bird species have been forced to respond to environmental changes, and the long-tailed duck (Clangula hyemalis) is no exception. The populations of the long-tailed duck have been in decline the past few decades and the species is classified as globally vulnerable and near threatened in both Iceland and Sweden. The long-tailed duck is a circumpolar, migratory sea duck. Its migratory routes and wintering and breeding sites might play an important part in gene flow between populations. The aim of this project was to get a clearer image of the substructure of the long-tailed duck in the northern hemisphere to help identify populations possibly at risk. This was investigated by exploring differences in mitochondrial DNA between the global populations, and by studying the Icelandic wintering and breeding populations in particular applying whole genome sequencing. To do this, samples were obtained for mitochondrial DNA analyses from a previous study by Wilson et al. (2016) from North America and East Russia, samples from other populations around the northern hemisphere as well and new samples from Iceland. Museum samples from Iceland were used for whole genome resequencing. Mitochondrial analyses included haplotype identification, population comparisons, mismatch and neutrality tests. Whole genome analyses included neutrality tests, principal component analysis and genetic admixture analysis.The mitochondrial results revealed two distinct lineages for the long-tailed duck. Two populations showed a difference from the other populations; the Icelandic breeding population and the Yukon-Kuskokwim Delta population from Alaska, which are the southernmost breeding populations. The Yukon population might have been previously isolated with refugial population intermixing. For the Icelandic populations, the mitochondrial results showed little intermixing between the winter and breeding populations. The whole genome results showed more complicated results for the Icelandic populations, with admixture in some individuals. This suggests that there seems to be more variation in the genome than implied by the mitochondrial DNA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».