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Enregistrement W7027313009

Caribou Prnp polymorphism distribution in Canada and its impact on CWD pathogenesis

2019· article· en· W7027313009 sur OpenAlexaboutno aff

Notice bibliographique

RevueDZNE Pub · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePrion Diseases and Protein Misfolding
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésChronic wasting diseaseGenotypePRNPPopulationAlleleTransmissible spongiform encephalopathyHerdScrapie
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Wild reindeer in Norway were recently diagnosed withchronic wasting disease (CWD) [1]. Prions from CWD-infected deer were also transmissible to other reindeer inexperimental settings [2,3]. Although CWD has not yetbeen reported in wild reindeer (caribou) in Canada, thesestudies show that they are at risk of infection. The wild-typereindeer, homozygous for serine at prion protein (PrP)residue 138 (138SS), developed clinical disease upon oralinoculation. Animals carrying at least one asparagine allele(138SN, 138NN) accumulated prions only in the periphery.However, both genotypes were susceptible to intracerebralprion inoculation [2,3]. Fallow deer are wild-type 138NNand are resistant to peripheral but not intracerebral prioninfection [4]. Thus, we hypothesize that the138N allele,present in caribou herds in Alberta [5], alters CWD patho-genesis by limiting prion transport from the periphery tothe CNS. Our aim is to elucidate the mechanisms involvedin this process.We extracted DNA from ±800 caribou, sequenced thePrnpopen reading frame and determined the 138N alleleprevalence in Canadian caribou populations. Resultsshow that the 138N allele was highly prevalent in theChinchaga woodland caribou population in BC (64%). Itwas also higher in barren-ground (37%) than in otherwoodland caribou populations (26%). To analyse howthe 138N allele affects CWD pathogenesis, we generatedknock-in (KI) mice where the mouse PrP is replaced bywild-type 138SS or 138NN cervid PrP. The KIs wereobtained by injecting CRISPR/Cas9-edited C57BL6embryonic stem cells (Bruce4) into wild-type blastocysts,generating chimeras, and breeding progeny to homozyg-osity in a C57BL6 background. PrP expression was deter-mined using western blotting and qPCR. Correct PrPpost-translational modifications were confirmed byPNGase-F and Endo-H digestion. We will inoculate ourKIs with CWD-positive material from the correspondingreindeer genotypes [1,2]. The CWD-infected reindeermaterial was characterized by real-time quaking-inducedconversion (RT-QuIC) and its transmissibility to trans-genic mice overexpressing elk PrP (TgElk). Attack rate inthe TgElks were almost 100%, except for those inoculatedwith 138SN lymph node material. Western blotting con-firmed the presence of proteinase-K resistant PrP in allterminally ill mice. Our goal is to analyse the susceptibilityof KIs carrying the 138N allele to intracerebral and per-ipheral prion infection. We will also assess the efficiencyof prion transport from the periphery to the CNS in intraperitoneally inoculated KIs. Prion strain propagationwithin a host is highly dependent on its PrP genotype.This study will provide insight into how the 138N PrPspecifically influences CWD propagation in caribou.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,043
Score d'incertitude au seuil0,087

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0020,001
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,004
Tête enseignante GPT0,216
Écart entre enseignants0,212 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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