Characterization of Aoudad and desert bighorn sheep microbiomes in association to disease risk
Notice bibliographique
Résumé
Bighorn sheep (Ovis canadensis) inhabit the western United States, northwestern \nMexico, and some of southwestern British Columbia and Alberta. Many herds have \nencountered die-off events thought to be caused by a group of bacterial species \nreferred to as the pneumonia complex, and this complex has been identified as \ntransmissible to bighorn sheep from domestic sheep (Ovis aries) and goats (Capra \nhircus). It is also hypothesized that transmission may occur from Aoudad \n(Ammotragus lervia), an invasive species to Texas that occupies the same habitat as \ndesert bighorn sheep (Ovis canadensis nelsoni) and is in the same subfamily \n(Caprinae). Microbiome dispersal is known to occur in other species through social \nbehavior and shared resources. However, respiratory microbiomes in healthy bighorn \nsheep and aoudad are poorly known but characterizing healthy microbiome \ncomposition is important to understanding transmission as well as the baseline from \nwhich diseased state microbiomes depart. For example, some members of the \npneumonia complex are often found in healthy bighorn sheep, but how their presence \ninfluences overall community structure is unknown. In this study, aoudad and bighorn \nsheep were identified carrying 243 bacterial species in nasal cavities in common and \n202 bacterial species in throat cavities in common. Bacteria associated with the \npneumonia complex were identified in both aoudad and bighorn sheep nasal and throat \nswabs. Nasal microbiomes between aoudad and bighorn sheep are more similar than \nnasal and throat microbiomes within the same animal species. Throat microbiomes \nfollow a similar pattern between species. Spatial-temporal variation between bighorn \nsheep nasal microbiomes was significantly explained between mountain ranges and \ncapture years. The discovery of Mycoplasma ovipneumoniae hosted in aoudad throat \ncavities was also included in this study.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».