Diversity among verotoxin-producing Escherichia coli 0103:H42
Notice bibliographique
Résumé
The objectives of the research were to identify and characterize VTEC in the feces of Ontario beef cattle and to characterize in detail strains of a selected non-O157 VTEC serotype. Cultures of rectal feces from 500 cattle were screened for verotoxin (VT) by ELISA and PCR for genes for verotoxins ('vt1' and 'vt2') and intimin ('eae'). A VT-immunoblot was used to isolate VTEC from VT-ELISA-positive samples. Prevalence rates of VTEC by VT-ELISA and PCR were 10.2 % and 6.2 %, respectively. VTEC isolated from 27 of 51 VT-ELISA-positive samples belonged to 24 serotypes, five (20.8%) had 'vt1 'only, 19 (79.2%) had 'vt2' either alone (3) or in various combinations with 'vt1, vt2c, vt2d; ' and two (8.3%) were 'eae'-positive. The distribution of selected putative virulence genes was: 'ehxA', 62.5%; ' espP', 45.8%; 'saa', 66.6%; 'subA', 54.1%. Nine isolates were resistant to antimicrobials. VTEC of serotype O103:H2 of bovine and human and of North American and European origins were selected for detailed characterization. Ninety-three O103:H2 VTEC strains were characterized by virulence genes, pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), plasmid profiling, phenotype, antimicrobial resistance and VT production. All strains were positive for 'vt1 'and 'eae 'and 94.6% posessed 'ehxA'. Two strains carried 'vt2'. PFGE differentiated 68 profiles grouped in six clusters and there were 25 plasmid profiles. The proportions of strains with 'katP 'and ' etp 'genes were significantly higher in European compared to North American human strains. All strains carried genes 'Z4326, Z4332' and 'Z4333 'and 32.2% carried 'Z4321'. Genes ' terC, iha' and 'ureC 'were present in 66.6%, 44.08% and 67.7% of strains, respectively. The distribution of selected phenotypes was: EHEC-hemolysin, 95%; alpha hemolysin, 2%; tellurite resistance, 67%; urease, 1.%; colicin production, 38%; antimicrobial resistance, 57%. VT1 concentrations were significantly increased in low iron cultures. Phages were induced by UV irradiation but not by mitomycin. Thirty-two VT1-phages and two VT2-phages were isolated from 33 strains and belonged to 22 RFLP phage subtypes. All phages carried the 'Q 'and 'P 'genes and 21/34 produced an amplicon for the Q-stx'A1' region. The proportion of human strains that yielded phages (22/48) was significantly higher than that of cattle strains (10/45) (p = 0.02).
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».