The Evolutionary History of Iconic North American Wild Sheep (Ovis spp.)
Notice bibliographique
Résumé
The increased accessibility of complete DNA sequences from individual organisms, i.e., nuclear whole-genome sequences (WGS), allows us to explore evolutionary processes, including hybridization events. The North American wild thinhorn (Ovis dalli) and bighorn (Ovis canadensis) sheep are interesting systems for studying such patterns. The former comprises the dark pelage Stone (O. d. stonei) and the pure white Dall (O. d. dalli) subspecies. These species diverged due to geographical separation and isolation, with potential hybridization leading to adaptive features. No recent hybridization is expected, given their non-overlapping distributions. Here, I aimed to study the WGS of fossil and modern sheep to shed new light on their mosaic genomic patterns shaped by various evolutionary processes. The dataset consisted of WGS of fossils from the Yukon (Canada) and Wyoming (USA), and WGS and mitogenomes of modern thinhorn and bighorn sheep. I explored their evolution in the following data chapters: (2) fossils versus modern species using nuclear WGS data, and contemporary thinhorn and bighorn with (3) mitogenomes, (4) low-quality nuclear and (5) high-quality nuclear WGS data. Concerning the first comparison (2), I identified hybridization signals between missing lineages and the Yukon and Wyoming fossils and found evidence that might support the Wyoming sample as a hybrid lineage between the ancestors of thinhorn and bighorn sheep. In chapters 3 and 4, I observed potential ancient hybridization signals between Stone and bighorn sheep. Nuclear genomic fragments showing hybridization had coat-colour genes often present, suggesting that hybridization somehow contributed to Stone’s darker pelage. Finally, I used high-quality genomes (5) to investigate evolutionary processes and WGS reference choice, confirming previous results and providing new insights into their evolution. Dall and Stone sheep presented similar effective population size fluctuations over time. I also observed that Stone had, on average, higher cumulative length and count for runs of homozygosity (ROH) than Dall and bighorn sheep, likely due to their restricted geographic distribution. The WGS reference used impacted ROH, demonstrating the need to reassess which references should be used. By using WGS of ancient and modern species, this project more fully illuminated the ancient hybridization signals between these North American species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».