Dynamics of influenza A virus transmission in swine herds and analysis of risk factors for recurrent infections
Notice bibliographique
Résumé
An investigation of the circulation of influenza A virus (IAV) and dynamics of the disease in swine populations is described in this thesis. The advent of more complex swine production systems can lead to changes in the pattern of disease making it difficult to predict IAV outbreaks and develop control programs. Factors such as host immunity, genetic and antigenic characteristics of the viruses, and fluctuations of temperature and humidity (seasonality), can be associated with the maintenance of the infection in swine populations. A longitudinal study evaluated, in two different cohorts, the dynamics of IAV circulation in multi-source nursery herds and identified risk factors associated with infection in nursery pigs. In addition, the circulation of IAVs between weaning and market age was characterized on the basis of development of antibody response and molecular epidemiology of detected viruses. Finally, a cross-sectional study was used to evaluate the association between environmental measurements such as temperature and humidity, and the presence of antibodies for two specific IAV. Virological tests showed a high prevalence of swine influenza and that influenza virus can circulate during the nursery phase in a cyclical pattern, with pigs becoming infected more than once with the same virus within a short time. The recurrent infection with the same virus was associated with the presence of maternal antibodies for a heterologous virus. In addition, the existence of antibodies titers for IAV other than the isolated virus confirmed that more than one viral subtype can circulate in the same population. Temperature and relative humidity can also be associated with development of influenza infection in swine populations based on cumulative exposure to the viruses. In conclusion, the research findings described in this thesis demonstrate that IAV transmission in complex swine systems can involve multiple virus subtypes and be influenced by environment and management factors, making the control of IAV complicated.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».