Genetic causes and consequences of ancient plague pandemics: pathogen evolution and human demographic reverberations
Notice bibliographique
Résumé
The plague has caused some of the most noted catastrophes in recorded history. The Plague of Justinian (6th-8th century CE), the Black Death (14th-18th century CE) and the current third pandemic (mid-19th-mid-20th century CE), are responsible for the mortality of hundreds of millions of people. In this thesis, I begin to explore these ancient pandemics from a syndemic angle. This framework considers disease events to be caused by more than just a single pathogen, but through the complex interplay of factors, including the pathogen(s), host resistance/susceptibility, environment and socio-cultural dynamics. Presented in sandwich-thesis format, I use the tools offered by ancient DNA research, upon which I have built, to observe the genetic causes and consequences of ancient plague pandemics from three different angles. I recover and sequence the first draft genome sequence from a strain of the plague bacterium, Yersinia pestis, associated with the Plague of Justinian and place it within the context of modern strains to better understand the pattern(s) behind the dissemination of the three historic pandemics. Next, I study the demographic effects of the Black Death by sequencing the mitochondrial genome, a maternally inherited marker useful for studying migration, from 264 individuals dating to late-medieval England and Denmark to look for signals of large-scale population turnover and migration. I then compare changes in frequencies of hundreds of immune-related loci from individuals who died before, during, and after the Black Death to better understand how human immune genes were shaped by and helped to shape the mass mortality of Black Death. Finally, I outline the methodological challenges faced and improvements made during the course of these projects through the examples of a variety of diverse projects. By examining the relationships of ancient strains of Y.pestis, the changes in host immune genetics, and the demographic effects of plague, and integrating these results with those from other disciplines, we can begin to understand why and how ancient pandemics of plague were so devastating to humans in the past and how we may respond to them in the future.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».