A Holistic Investigation of Johne's Disease Control on Ontario Dairy Farms through Quantitative and Qualitative Methods
Notice bibliographique
Résumé
This thesis presents a holistic investigation of Johne’s disease (JD) management and control. Follow up risk assessment and management plans (RAMPs) were conducted on 180 Ontario dairy farms. From this, the changes in management practices that occurred on study farms since the end of the Ontario Johne’s Education and Management Assistance Program (OJEMAP), were described. This information from the follow-up RAMPs, along with the results of province-wide bulk tank (BT) milk enzyme-linked immunosorbent assays (ELISA) were used in developing logistic regression models that described the odds of successful JD control using the RAMP results as predictors. Repeat ELISA test results from 1,197 cows from a previously completed longitudinal study were used in random forest models to generate a predictive algorithm that classified milk testing results as positive or negative. Finally using 20 in-depth interviews with Ontario dairy producers, we explored the motivations and barriers producers experience with regards JD control and farm biosecurity. \n\tThe provincial BT ELISA results demonstrated that the prevalence of JD positive BT’s increased from 46.8 to 71.4% in a 4 year period. Along with this, many changes to the management practices had occurred on Ontario dairy farms since the end of the OJEMAP in 2013. Notably, many producers had decreased their risk of JD through cattle additions. The resulting logistic regression models suggested that management of the calving area and calving practices were significantly associated with JD control. Specifically, farms were more likely to have BT positive results when they calved multiple cows in the maternity pen at the same time and less likely to have BT positive results when they calved their cows outside of dedicated maternity areas. The random forest algorithms were able to predict which test results would be positive for JD using the milk testing data and history of JD testing. The model was able to correctly classify over 80% of the tests within its top 25% of predictions. Unsurprisingly, interest in JD control had diminished since the end of the OJEMAP. Without evidence of clinical signs, and no financial support for diagnostic testing, few producers believed it was an issue they needed to pursue.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,013 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,009 | 0,009 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».