Hemoglobin binding protein from «Actinobacillus pleuropneumoniae»: a novel method for extraction and isolation
Notice bibliographique
Résumé
Membrane proteins (MPs) are the coveted, yet elusive, targets of structural genomics, structural proteomics, and the pharmaceutical industry. Characterized by amphiphilic surfaces, and lipid stabilized in vivo, MPs require unique combinations of detergent and additives for solubility and stability in vitro. We sought to bypass the exhaustive, and often unsuccessful exploration of detergents and additives for our target hemoglobin binding protein (HgbA): a 105 kDa, 22-stranded ß-barrel outer membrane protein (OMP) from Actinobacillus pleuropneumoniae. To address requirements of structural studies for milligram amounts of soluble target protein, a novel series of fractionating steps was developed to extract and isolate soluble HgbA. Two well established OMP properties were exploited in this pursuit: sarkosyl-insolubility and a robust structural architecture. Total membrane solubilization by sarkosyl detergent was modified for efficiency and fractionated insoluble OMPs from cytoplasmic membrane and soluble cytoplasmic proteins. Liberation of HgbA from the insoluble fraction required treatments more aggressive than variations of detergent and additives. Rigidified with extensive hydrogen bonding, the structural tolerance of ß-barrel proteins was exploited against elevated temperatures. Heat treatment of insoluble OMP fractions at 55 oC preferentially solubilized HgbA yielding 5mg HgbA per litre culture that retained its ability to bind hemoglobin. Protein profiles of these extraction products resolved one major band representing excess amounts of HgbA in the presence of limited quantities of minor species. This extraction protocol produces high quality HgbA that is markedly enriched from fractions that are otherwise inaccessible. Such preparations are advantageous for structural studies as well as promising for application to other ß-barrel proteins.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».