The impacts of urbanization on the bacterial communities of mountain chickadees (Poecile gambeli)
Notice bibliographique
Résumé
Urbanization is a global process with numerous consequences on wildlife, including the amplification of certain infectious diseases. No studies have yet determined if this pattern exists across all detectable pathogenic bacteria, and few have investigated how bacterial communities change across urban to rural/native habitat gradients. We used whole-community sequencing of partial 16S rRNA gene amplicons to examine relationships between urban and rural bacterial communities found on Mountain Chickadee (Poecile gambeli) feathers and nests in Kamloops, British Columbia, Canada. Between urban and rural sites, we observed mostly similar abundances of major bacterial phyla, and dominant genera with pathogenic members, on both bird feathers and their nests. However, urban habitats tended to increase the richness of both bacterial communities and potential pathogens on birds, and accounted for some of the differences in bacterial occurrence between urban and rural environments. Similarities in bacterial communities between nests and their occupants indicated some degree of transmission occurred between them, or that shared environments result in similar community assemblages. We predicted habitat using potential pathogen occurrence with a 90% success rate for feather bacteria, and a 72.2% success rate for nest bacteria, indicating an influence of urban environments on potential pathogen presence. Our findings show that urban environments result in significant differences between urban and rural bacteria associated with Mountain Chickadees, with potential indications towards diverging disease dynamics across urban and rural gradients.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».