Investigating the interplay between the Tup1-Cyc8 and Swi-Snf chromatin remodelling complexes in Saccharomyces cerevisiae
Notice bibliographique
Résumé
Swi-Snf is an ATP dependent chromatin remodelling complex which acts as a coactivator of gene transcription by its ability to open up densely packed chromatin by removal of nucleosomes.Conversely, Tup1-Cyc8 is a co-repressor complex that has the ability to position nucleosomes at the promotors of genes, forming a more closed chromatin state which is repressive towards transcription.The antagonistic activity of these two complexes has recently been shown to regulate 102 genes by RNA-Seq analysis.In this study I have validated the subset of genes suggested to be under the coregulation of Swi-Snf and Tup1-Cyc8 using gene-specific RT-qPCR and ChIP analysis.Using ChIP analysis of Snf2 and Tup1 proteins at gene promotors, examples of some of the co-regulated genes were shown to be under the direct control of Swi-Snf and Tup1-Cyc8.The data also revealed that at these co-regulated genes Tup1 occupancy was dependent on Snf2.Furthermore, Tup1 can persist at co-regulated genes in the absence of Cyc8 and that this retention of Tup1 is Snf2 dependent.Finally, the data revealed that there may be two models of co-regulation.In model one, Tup-Cyc8 occupies the promotor of target genes to bring about repression.In the absence of Tup1-Cyc8, Swi-Snf is recruited resulting in gene activation.In model two, Swi-Snf and Tup1-Cyc8 both occupy the promotors of target genes with Swi-Snf becoming further enriched upon target gene activation in the absence of Tup1-Cyc8.Moreover, preliminary data might suggest that the two complexes interact with one another via the Swi3 and Cyc8 proteins.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».