Investigating the interplay between the Tup1-Cyc8 and Swi-Snf chromatin remodelling complexes in Saccharomyces cerevisiae
Notice bibliographique
Résumé
Swi-Snf is an ATP dependent chromatin remodelling complex which acts as a coactivator of gene transcription by its ability to open up densely packed chromatin by removal of nucleosomes.Conversely, Tup1-Cyc8 is a co-repressor complex that has the ability to position nucleosomes at the promotors of genes, forming a more closed chromatin state which is repressive towards transcription.The antagonistic activity of these two complexes has recently been shown to regulate 102 genes by RNA-Seq analysis.In this study I have validated the subset of genes suggested to be under the coregulation of Swi-Snf and Tup1-Cyc8 using gene-specific RT-qPCR and ChIP analysis.Using ChIP analysis of Snf2 and Tup1 proteins at gene promotors, examples of some of the co-regulated genes were shown to be under the direct control of Swi-Snf and Tup1-Cyc8.The data also revealed that at these co-regulated genes Tup1 occupancy was dependent on Snf2.Furthermore, Tup1 can persist at co-regulated genes in the absence of Cyc8 and that this retention of Tup1 is Snf2 dependent.Finally, the data revealed that there may be two models of co-regulation.In model one, Tup-Cyc8 occupies the promotor of target genes to bring about repression.In the absence of Tup1-Cyc8, Swi-Snf is recruited resulting in gene activation.In model two, Swi-Snf and Tup1-Cyc8 both occupy the promotors of target genes with Swi-Snf becoming further enriched upon target gene activation in the absence of Tup1-Cyc8.Moreover, preliminary data might suggest that the two complexes interact with one another via the Swi3 and Cyc8 proteins.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».