Network analysis of dairy cattle movements in Ontario to support livestock disease simulation modelling
Notice bibliographique
Résumé
This thesis was an investigation of the movement of dairy cattle in Ontario in order to improve the realism of simulated epidemics of foot-and-mouth disease (FMD). Canada does not have a livestock movement database to develop parameters for simulations. We evaluated the Dairy Herd Improvement (DHI) database, which stores cow lactation records, as a source of movement information for adult milking cows in Ontario. We used social network analysis techniques to study the structure of the networks formed among DHI farms in Ontario resulting from the movements of adult milking cows in 2004-2006. We showed how the topology of such networks influenced how diseases could spread among farms. We used existing network analysis measures to estimate potential epidemic size at first detection of FMD and compared these estimates to those provided by the infection chain. The infection chain is a modified breadth-first search that we consider the most biologically sensible measure for estimating potential epidemic size in both connected and fragmented networks of direct animal movements. The DHI network information was then used to validate the contact structure represented in the North American Animal Disease Spread Model (NAADSM). Our findings showed that the current parsimonious approach in NAADSM would represent up to 99% of monthly farm-to-farm networks. However, the current approach does not represent extreme situations in which some farms might have a high number of contacts. We proposed alternatives to consider for future versions of NAADSM. We also studied the movements of dairy cattle through two large markets in Ontario in the year 2004. Markets played a central role in the dairy industry as they are the main point for selling slaughter cows and calves. Our study demonstrated the need for quickly closing market sales at first detection of FMD in the Province. In addition, we proposed that tracing efforts be focussed upon determining if infected animals have gone through markets. This thesis shows the importance of obtaining and maintaining livestock movement information and the benefits of using network analysis. However, the rules that define certain network analysis measures must be clearly understood to be useful.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».