The regulation of 4-hydroxy-2-alkylquinoline biosynthesis by (p)ppGpp signalling and membrane stress in «Pseudomonas aeruginosa»
Notice bibliographique
Résumé
Pseudomonas aeruginosa is a ubiquitous environmental bacterium and a major opportunistic human pathogen.This bacterium produces a family of small molecules called 4hydroxy-2-alkylquinolines (HAQ) that have many biological functions including in quorum sensing signaling (cell-cell communication), iron entrapment, antibiotic tolerance and antimicrobial activities.The stringent response is a global stress response mediated by the alarmone (p)ppGpp that allows bacteria to respond and adapt to nutrient and environmental stresses, and HAQs are overproduced when (p)ppGpp signaling is inactivated.The overall objective of this thesis was to understand the regulation of HAQ biosynthesis.The first objective of this thesis was to characterize how the stringent response and (p)ppGpp signaling regulates HAQ biosynthesis.We demonstrated that HHQ and PQS are overproduced in the SR mutant ((p)ppGpp-null) due to upregulation of the biosynthetic genes pqsABCD and pqsH.To determine the regulatory network that controls HAQ biosynthesis and how it is modulated by the stringent response, we reported that upregulation of pqsA in the SR mutant is the result of both increased PqsR mediated positive control, as well as reduced RhlR mediated inhibitory control.Furthermore, we uncovered that (p)ppGpp signaling is required for full expression of both las and rhl quorum sensing systems, and that the hierarchy of these interconnected signaling systems is modulated by the stringent response.Although PqsR is the primary known positive transcriptional regulators of HAQ biosynthesis, we observed that pqsA expression remains upregulated in the SRpqsR mutant suggesting other yet unknown regulators of HAQ biosynthesis.Our second objective was thus to identify novel positive regulators of HAQ biosynthesis by performing a random transposon mutagenesis screen for reduced pqsA-lacZ reporter activity in the SRpqsR mutant.From over 50,000 mutant clones screened, we identified 26 candidate genes as potential positive regulators of pqsA expression.Following
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».