Protein transplant: Cloning genes for two NtaA proteins from Gordonia sp. NB4-1Y
Notice bibliographique
Résumé
Some telomerisation-based aqueous film-forming foams (AFFF) used to fight forest fires contain 6:2 fluorotelomer sulfonate (6:2 FTS), or precursors that degrade to 6:2 FTS, which has been found to accumulate in groundwater systems and appear in surface waters and in the livers of fish following AFFF deployment. By examining the microbial metabolism of organosulfur compounds such as 6:2 FTS, therein lies potential for development of bioremediation tools. To date, the metabolism of 6:2 FTS has been observed in the soil bacterium Gordonia sp. NB4-1Y, an organism that was isolated in Kamloops, British Columbia Canada. When NB4-1Y was supplied 6:2 FTS as the sole sulfur source, the differential production of two nitrilotriacetate (NtaA) monooxygenases was observed when compared to a MgSO4 supplemented culture. This led to the hypothesis that these enzymes initiate the desulfurization reaction used by NB4-1Y for 6:2 FTS biodegradation. To examine this hypothesis, DNA was isolated from NB4-1Y using a modified Streptomyces genomic DNA isolation protocol, and this DNA was used as a template to amplify the protein-coding region for each NtaA enzyme by polymerase chain reaction (PCR). PCR primers were designed to introduce restriction enzyme sites to the 5' and 3' ends of the genes to allow for subsequent directional cloning. These genes were then transferred into DH5α competent E. coli using a pBluescript cloning vector for sequencing. Once the gene sequence data has been obtained, the gene inserts will be moved into a pMAL-c2 expression vector that will allow for the production and purification of large quantities of the NtaA enzymes for characterization. The enzymes will be purified from an E. coli expression host using affinity chromatography by taking advantage of a maltose binding protein introduced to the N-terminal region of the target proteins using the pMAL-c2 expression vector, a binding protein that has an affinity for amylose. Once purified, spectrophotometric assays monitoring the rate of NADH oxidation will be performed to definitively determine if these enzymes are involved in 6:2 FTS desulfurization in Gordonia sp. NB4-1Y, helping us further understand the potential value of Gordonia as a bioremediation tool.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».