Structure-guided evolutionary analysis of protein-protein interactions and interactome network rewiring at single residue resolution in yeasts.
Notice bibliographique
Résumé
Protein-protein interactions, or PPIs, are important phenomena, essential to proper protein function, and present in virtually all biological pathways of cells.Accordingly, in recent years, numerous experiments have been performed to survey all proteins that interact in a given species, as well as to uncover the molecular structure and 3D mechanisms of interactions between individual proteins.So far, this extensive work has generated large amounts of data, which now allows us to study the evolution of PPIs, a feat that was previously difficult due to a lack of highquality experimental results.An investigation into the evolution of PPIs is essential to try and uncover the evolutionary design principles behind variations in PPIs, both within and between species.Here, we take advantage of PPI datasets made recently available for two yeast species, Saccharomyces cerevisiae (S. cerevisiae), and Schizosaccharomyces pombe (S. pombe), and perform their thorough analysis using bioinformatics tools.We first design a custom script pipeline to automate the curation of high-quality protein-protein interaction data from online databases and organize this data into structural models of PPIs for the two yeast species, S. cerevisiae, and S. pombe.These structural models are subsequently used to investigate the relationship between PPI structure and PPI evolution in yeast at the single residue level.This analysis yields significant insight into the design principles and structural mechanisms governing PPI evolution in yeast, uncovering several structural properties directly correlated with the evolutionary rates of PPIs.Finally, we use structural models of S. cerevisiae and S. pombe PPIs to construct structurallyresolved interactome networks for the two yeasts and compare PPIs that are preserved and PPI that are different between the two yeast species.This analysis yields further insight into the evolutionary design principles of PPIs and the mechanisms by which interactions are preserved or 3.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».