Sex Determination and Population Genetics of Smallmouth Bass (Micropterus dolomieu) in Eastern Lake Ontario
Notice bibliographique
Résumé
Conserving genetic diversity within a population increases both its fitness and adaptability to environmental change; however, conservation management units frequently mismatch underlying genetic structure. Further challenges are introduced when quantifying genetic diversity, as the sex ratio and geographic distribution of samples can bias measures of population differentiation. Smallmouth Bass (SMB: Micropterus dolomieu) are an economically and ecologically valuable species of territorial freshwater fish. Regulated as a single unit across Lake Ontario and the St. Lawrence River, SMB are subject to regular anthropogenic dislocation through recreational angling. Since sex is not readily discernible from external morphology, and the genetic mechanism of sex determination is presently uncharacterized, typical SMB sex identification requires lethal autopsy. For this thesis I investigated the association of genomic markers with sex and geography for Smallmouth Bass in Eastern Lake Ontario, to improve the accuracy of phylogeographic study and subsequent conservation in the area. I hypothesized that Smallmouth Bass have an XY chromosomal system, and that genomic markers alone could identify sex. This hypothesis was tested using next-generation DNA sequencing of MluCI-SphI restriction digest associated loci from tournament-angled SMB mortalities. Although no sex-specific markers were present in males (or females), refuting the XY (and ZW) chromosome hypothesis, a leave-one-out predictive model generated with seven single nucleotide polymorphisms (SNPs) correctly predicted the sex of all 23 SMB and a reference female Florida Bass (Micropterus floridanus). Flanking DNA associated with these SNPs was then BLAST-searched against an assembled SMB transcriptome and NCBI’s swissprot database; however, no homology to sex-determining factors was found. I also hypothesized that genetic structure existed within tournament mortalities, which was confirmed following hierarchical K-selection analysis of 2,138 SNPs, indicating an optimal group number of two. Although some group assignments at higher K-values corresponded to approximate geographic location, the sample size of these subpopulations was too small to draw meaningful conclusions. To address this limitation, DNA was also quantified from 228 SMB angled across Lake Ontario to facilitate future fine-scale population structure analysis. Overall, these findings can be used to better manage the SMB fishery in Eastern Lake Ontario and provide a basis for further study.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».