Spatial and temporal genetic variation in small and declining populations of Atlantic salmon
Notice bibliographique
Résumé
Atlantic salmon is protected under national and European legislation but most populations are declining. The research investigated population size, habitat quality, population structure and stability over time using Atlantic salmon parr in the River Frome (a chalk stream in Dorset, England) surveyed at 15 sites, in summer and autumn over three consecutive years. The hypotheses were: * Abundance of juvenile Atlantic salmon in a chalk stream is related to habitat quality. * There is significant genetic differentiation between Atlantic salmon within one river, despite small geographic distance between sites and no barriers to migration. * Temporal stability of spatial population structure of Atlantic salmon occurs within a river. Habitat quality, assessed using HABSCORE, varied between sites and over time. Habitat quality was not a predictor of juvenile density but presence of adult brown trout reduced juvenile numbers. DNA for molecular analysis was extracted from fin-clips (removed non-lethally) and genetic variation and distribution of genetic variation was assessed using 5 microsatellites. Relatedness tests indicated that some 0+ parr within a site were closely related. It was inferred that 1+ parr had moved from their natal site, as they could not be assigned to a site of origin. Moderate heterozygosity was detected at each sample site. Low, but significant, genetic differentiation over all sites was detected in summer and autumn for three consecutive years. Isolation by distance was detected at two out of the six sample times, despite small distances between sites. This was strong evidence for structuring within the population. Using a new statistical test, no temporal stability of spatial population structure was detected in the River Frome, but significant temporal stability was detected using published data for Atlantic salmon in a Canadian river.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».