Structural biology of energy-transducting proteins from «Escherichia coli»
Notice bibliographique
Résumé
The cell envelope of Gram-negative bacteria such as Escherichia coli is composed of an outer (OM) and cytoplasmic membrane (CM), which enclose a space known as the periplasm. For acquisition of essential nutrients, bacteria must transport molecules across both membranes. The import of certain scarce nutrients, such as iron and vitamin B12, requires the input of energy; however, the OM is devoid of any source of energy. To drive the transport of scarce nutrients across the OM, bacteria use the proton motive force of the CM. The TonB–ExbB–ExbD protein complex located within the CM is responsible for harnessing the energy of this proton gradient and transducing it to OM receptors. While the existence and the role of this complex has been investigated many years ago by genetic means and by in vivo crosslinking experiments, structural and functional aspects remain largely unknown. To date, only partial structures of periplasmic domains of TonB and ExbD are known. Additionally, information on the structure of the complex as well as stoichiometry has not been deduced. We have therefore designed a strategy for the co-expression and co-purification of ExbB and ExbD in complex. Here we produced milligram amounts of pure ExbB–ExbD; size-exclusion chromatography revealed that our samples were homogenous and monodisperse. Observation of our samples by negative-staining electron microscopy revealed uniform particles from which 2D reconstructions were generated. These reconstructions suggested a pentameric and perhaps cylindrical arrangement for the complex. In parallel, crystallization trials have identified promising leads. Our optimization efforts have led to the successful detergent exchange of the protein complex from dodecyl maltoside to decyl maltoside, to GNG-12 and to MNG-28; the latter two amphiphiles are proprietary and of undisclosed structure. We also adopted an NMR detergent quantitation method to standardize amounts of detergent in samples bound for crystalliz
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».