Analysis of candidate regulators of TBC-2 and endosome maturation in «Caenorhabditis elegans»
Notice bibliographique
Résumé
The Rab5 and Rab7 GTPases are key regulators of endosome to lysosome trafficking, whose activities are positively regulated by Rab Guanine nucleotide Exchange Factors and negatively regulated by GTPase Activating Proteins (GAP). In this thesis, the nematode Caenorhabditis elegans was used as a model system to study regulation of Rab GTPase-mediated endosomal trafficking, for simple genetics and easy visualization of organelles under Differential Interference Contrast (DIC) and confocal optics. It was previously demonstrated that TBC-2 functions as a RAB-5 GAP. Loss of tbc-2 activity results in the formation of enlarged late endosomes in the intestine that require the activities of RAB-5, RAB-7 and components of the homotypic fusion and vacuole protein sorting (HOPS) complex. TBC-2 colocalizes with RAB-7 on late endosomes, and requires RAB-7 for membrane localization. My hypothesis is that RAB-7 recruits TBC-2 to late endosomes to inactivate RAB-5 and possibly RAB-7 itself, to facilitate early to late endosome maturation. The vh8 mutant was previously identified in the lab as a suppressor of the tbc-2(-) phenotype and displaces GFP::RAB-7 from vesicular membranes. It is possible that vh8 encodes for a potential RAB-7 GEF. To investigate the molecular identity of vh8, I tested candidate genes by RNAi. While none of the candidates appear to be vh8, I did find that the HOPS core complex is required for the tbc-2(-) phenotype. ARL-8, and its human homolog arl8b, have recently been shown to be important for late endosome to lysosome trafficking. To investigate whether ARL-8 is required for TBC-2 mediated early to late endosome trafficking, I performed RNAi experiments. The results of which suggest that ARL-8 functions downstream of TBC-2. ARL-8 is required for the tbc-2(-) large late endosome phenotype, but is not required for membrane localization of either TBC-2 or RAB-7.In mammalian cells, the Rac1 GTPase is able to bind Armus, a human homolog of TBC-2. That raises the possibility that RAB-7 recruits CED-10/Rac1 via TBC-2. However, I observe that in tbc-2(tm2241) mutant animals, CED-10 is still localized to vesicles. It suggests that CED-10 might be recruited to membrane via other mechanism. Active CED-10 is also crucial for phagocytosis and clearance of apoptotic cell corpses. CED-10 can be activated by the CED-5/CED-12 complex, which is proposed to be recruited and activated by PI(3,5)P2. Work from this thesis suggests that the active state might not be a requirement for CED-10 localization, as ced-5 RNAi does not change the localization of CED-10.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».