Characterizing the structure and function of parkin co-regulated gene protein
Notice bibliographique
Résumé
Parkin co-regulated gene protein (PACRG) is encoded 204 bp upstream of the Parkin gene, linked via a bi-directional promoter. Parkin is an ubiquitin ligase that regulates mitophagy and signaling pathways induced by various cellular stressors. Parkin loss-of-function mutations result in early-onset autosomal recessive Parkinson's disease (PD). First, PACRG is a component of Lewy bodies, a pathological hallmark of PD. Moreover, the quaking viable spontaneous mutant mouse, which displays neurological impairment, is a knockout of both Parkin and PACRG. Intriguingly, knockout of Parkin alone generates no apparent neurological phenotype, suggesting that PACRG has a neuroprotective role, perhaps functionally redundant with Parkin. Additionally, PACRG has been shown to generate and maintain the axoneme structure of flagella and cilia. Yet it is unclear how PACRG mediates these functions at the molecular level. Moreover, the three-dimensional structure of PACRG is unknown and it lacks known homologous domains. The objective of this thesis was to characterize the structure and molecular interactions of the PACRG protein. To this end, various expression and purification systems were tested. I have shown that full-length PACRG is unstable upon single expression in HEK293 and E. coli cells. However, deleting the non-conserved N-terminus residues generated large amounts of protein sequestered into inclusion bodies. After application of a refolding protocol, the C-terminal domain (conserved in all metazoans) bound directly to MEIG1, a protein necessary for spermiogenesis and axoneme formation. Co-expression with MEIG1 significantly increased PACRG protein yields and allowed the purification of full-length PACRG bound to MEIG1 in a 1:1 complex. This thesis thus provides a basis for future PACRG structural and functional studies. Notably, the production of recombinant PACRG will enable the study of its interactions with microtubules, thus providing insight into axoneme formation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».