Characterization of PABP-interacting proteins 1 and 2
Notice bibliographique
Résumé
The 3' poly(A) tail of eukaryotic mRNAs and the poly(A) binding protein (PABP) play key roles in the regulation of translation. Recently, our group identified two human PABP-interacting proteins (Paip), Paip1 and Paip2, which stimulate and repress translation, respectively. Paip2 also inhibits the binding of PABP to the poly(A) tail and competes with Paip1 for binding to PABP. My research project was divided into two parts to allow me to gain a greater understanding of the roles of these two PABP-interacting proteins. First, in order to study the mechanism of interaction of Paip1 and PABP, their binding sites were mapped by Far Western and GST pull-downs experiments. The Paip1-PABP interaction involves two distinct binding regions in each protein. The PABP interacting motif-1 (PAM1) of Paip1 is rich in acidic amino acids and is located in the C-terminus (a.a. 440--479). PAM1 interacts with the RNA recognition motifs (RRMs) 1 and 2 of PABP. PAM2 consists of a 15 amino acid stretch residing in the N-terminus of Paip1 (a.a. 123--137) and interacts with the C-terminal domain of PABP. In addition, the stoichiometry and the kinetic and thermodynamic constants for the Paip1-PABP interaction were determined using a Surface Plasmon Resonance (SPR)-biosensor. Paip1 interacts with PABP with an apparent KD of 1.9 nM and with a 1:1 stoichiometry. In the second part of my thesis research, the Drosophila Paip2 (dPaip2) was isolated and characterized in order to ascertain a biological role for Paip2. dPaip2 was found to be the bona fide homologue of human Paip2 since it interacts with the Drosophila PABP (dPABP) via two independent binding sites, interferes with the ability of dPABP to bind to poly(A), and represses translation. Ectopic overexpression of dPaip2 in wings resulted in a size reduction phenotype, which was due to a decrease in the cell number but not to a difference in cell size. Clones of cells overexpressing dPaip2 in wing discs also contai
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».