Correlating Quantitative Real-time PCR to Rapid Diagnostic Test and RNA Transcript Expression in Isolated Gametocytemia and Asexual Parasitemia of Plasmodium \nFalciparum Malaria
Notice bibliographique
Résumé
At present, only microscopic examination of stained thick and thin blood smears for malaria can differentiate clinically relevant asexual parasitemia from clinically irrelevant isolated gametocytemia. Microscopy is time consuming, labour intensive, and requires significant technical expertise to perform. Simple and rapid tests that can distinguish asexual from isolated sexual parasitemia are needed. To determine if parasitemia and cycle threshold (CT) values on Plasmodium genus and P. falciparum-specific quantitative polymerase chain reaction (qPCR) assays correlate to positivity of rapid diagnostic test (RDT), and 18S rRNA gene copy number, we analyzed blood samples from Ontario patients with isolated P. falciparum gametocytemia or asexual stages. RNA transcripts were evaluated to determine whether there is correlation of expression to different life cycle stages of P. falciparum. 45 specimens containing isolated P. falciparum gametocytes, and 40 specimens containing isolated asexual stages by microscopy were identified and analyzed. By RDT, 40 of 45 (88.9 %) isolated gametocytemia specimens and 40 of 40 (100 %) asexual-stage specimens were positive for Plasmodium falciparum-specific histidine rich protein-2 (HRP-2). Fourteen of 45 (31.1 %) isolated gametocytemia specimens, and 36 of 40 (90 %) asexual-stage specimens were positive for Plasmodium genus aldolase T2 band. Positivity of the aldolase T2 band was associated with lower mean Plasmodium genus and P. falciparum-specific CT values, and to higher mean 18S rRNA gene copy by qPCR for both isolated gametocytemia and asexual-stage specimens. There was also a negative correlation of asexual parasitemia to both CT values, and positive correlation to 18S rRNA gene copy number. Analysis of asexual stage-specific erythrocyte binding antigen (eba-175) transcripts on 25 isolated gametocytemia and 20 asexual-stage specimens gave a positive predictive value of 62.5 % and negative predictive value of 100 % for asexual parasitemia. Thus, an absence of eba-175 transcripts excluded the presence of asexual (clinically relevant) parasitemia. Positivity of the aldolase T2 band of BinaxNow RDT correlated to higher parasite load in both isolated gametocytemia and asexual-stage specimens. Asexual stage-specific eba-175 RNA transcript expression provided reasonable negative predictive value for exclusion of asexual parasitemia in clinical samples, but was present in both isolated gametocytemia and asexual stage specimens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».