Environmental influences on microbial communities of lake whitefish, cisco, and Arctic char on and surrounding King William Island, Nunavut
Notice bibliographique
Résumé
Partnered with the Nunavut community of Gjoa Haven on King William Island, a large-scale Genome Canada project, the Towards a Sustainable Fishery for Nunavummiut (TSFN) project endeavoured to integrate Inuit traditional knowledge and practices with genomic and microbial analyses to assess the sustainability and health of the Coregonus species complex (CSC) and Arctic char (Salvelinus alpinus) fisheries. Encompassed within the goals of the project, fish health was assessed based on microbial diversity and condition factor (K) of the sampled fish. In this region, sampled CSC, which included lake whitefish (C. clupeaformis) as well as two cisco species (C. autumnalis and C. sardinella) and Arctic char displayed anadromy, transitioning annually from the ocean to freshwater lakes and rivers. Inuit fishers collected samples from the ocean, rivers, and lakes in different seasons, and microbiomes from these salmonids were characterized with respect to changing seasonal habitats. Skin- and intestine-associated microbiomes were characterized through amplification of 16S rRNA gene fragments. Overall, lake whitefish, ciscoes, and Arctic char skin-associated microbiota grouped separately in ordination based on salinity while cisco and Arctic char grouped based on seasonal habitat. Higher Shannon diversity in autumn and spring freshwater habitats suggested a transitional state in the autumn riverine and spring lacustrine environments. Core microbiomes, representing taxa found in at least 50% of samples, were also identified within seasonal habitats. Comparison of skin- and intestine-associated core microbiota showed differences in composition across seasonal habitats. Condition factor (K) remained consistent across seasonal habitats for cisco, was higher for lake whitefish in the lacustrine environment, and progressively decreased for char from ocean, to riverine, to overwintering habitat. There was some evidence of dysbiosis in the microbiota of lake whitefish, which may be associated with stress as these fish are at the northern limits of their range. In contrast, cisco and Arctic char appeared to have more stable communities, possibly displaying resilience towards anadromy within the high Arctic. Overall, these findings may inform sustainable fishery practices in regard to how microbiomes respond to stress and what factors may put these fish at risk of pathogen colonization throughout their migrations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».