Environmental DNA barcoding as a method of amphibian species detection compared to conventional monitoring techniques in southern Ontario vernal pools
Notice bibliographique
Résumé
Ongoing monitoring is vital for the conservation of amphibian species and is conducted through conventional auditory and visual surveys. A molecular method, termed environmental DNA (eDNA) barcoding, may offer a more sensitive method of species detection that negates the need for direct species observation. The research aims of this thesis were to conduct a comparative analysis of eDNA barcoding versus conventional (audio/visual) species detection methods for six amphibian species in southern Ontario. I hypothesized that eDNA barcoding would offer equal or greater species presence detections compared to the conventional methods. Conventional surveys and eDNA collections were conducted in three vernal pools from April-July 2019 in collaboration with rare Charitable Research Reserve (Cambridge, ON). Conventional methods included collection of daily audio files from acoustic song meters and weekly/biweekly visual encounter surveys. Audio data was analyzed using Kaleidoscope Pro. Alongside conventional surveys, duplicate water samples containing eDNA were collected at multiple sampling locations around three vernal pools. After water collection, eDNA was concentrated by filtration, extracted, and quality controlled. eDNA samples were processed using optimized eDNA barcoding assays using quantitative PCR. Comparative analysis between conventional methods and eDNA barcoding contradicts a one-size-fits-all model of amphibian monitoring. eDNA barcoding offered a reliable and effective method of species detection for five of the target amphibians especially for obligate vernal pool breeding species, however this method failed to accurately detect the spring peeper despite detections by passive acoustic surveys. I propose using eDNA barcoding alongside a conventional method of species detection to optimize detections across a spatiotemporal scale, however, this should be catered to the target species of interest. Future studies could implement a multi-year study as well as a comparison of eDNA barcoding to metabarcoding for Ontario amphibian species. eDNA barcoding offers a new method of species detection that could aid in ongoing amphibian monitoring and therefore conservation efforts of the declining taxa.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».