A Genome Catalogue of Mercury-Methylating Bacteria and Archaea from \nSediments of a Boreal River Faced by Human Disturbances
Notice bibliographique
Résumé
Methylmercury (MeHg), the most bioavailable form of mercury (Hg), is a neurotoxin produced by anaerobic microbes. MeHg generated in aquatic sediments can be transferred to aquatic organisms and biomagnified along food webs, ultimately reaching fish consumers. This is a particular concern for rivers, as they are connective bodies for aquatic ecosystems and play crucial roles in the transport of nutrients. Moreover, rivers exhibit heightened susceptibility to environmental disturbances within their watershed, which have been linked to increased Hg-methylation. Rivers impacted by run-of-river dams hold specific significance, given the growing preference for these dam types over reservoir dams. Early studies have identified sulfate reducers, methanogens, and iron reducers as the main contributors to Hg methylation. More recently, proteins encoded by the hgcAB genes have been found to confer the ability to methylate Hg. Recent metagenomic studies have expanded our knowledge of hgcAB-carrying lineages in the environment. Nevertheless, genome-based exploration of Hg-methylators remains limited, particularly in the context of river systems. To fill this knowledge gap, we created a genome catalogue of Hg-methylating microorganisms from the sediments of a river impacted by two run-of-river dams, logging, and a forest fire. We assessed the taxonomic and metabolic diversity of these putative Hg-methylators. Additionally, we assessed their abundance and diversity across sites along the river that were subject to different disturbances to gain insight into the ecological impact on Hg-methylators. For a deeper understanding of the environmental factors shaping Hg-methylator \ndiversity, we juxtaposed the genome catalogue with the wider microbial community to which these methylators belong. We uncovered a unique and diverse assemblage of Hg-methylators dominated by members of metabolically versatile and fermentative Bacteroidota. This assemblage was particularly enriched in butyrate fermentative, carbon fixing and nitrite reducing microbes. We found that sites affected by press-like disturbances such as logging were particularly favorable to the establishment of a Hg-methylating niche. Lastly, we argue that the effects of watershed disturbances are likely not specific to Hg-methylators, but rather shared across the greater microbial community.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».