Investigation of Fluoroquinolone resistance-associated mutations in Canadian clinical isolates and laboratory mutants of Streptococcus pneumoniae
Notice bibliographique
Résumé
The purpose of this thesis was to evaluate how S. pneumoniae isolates are genetically altered as fluoroquinolone resistance increases in Canada.In order to address this question, it is essential that the fluoroquinolones be fully characterized for activity, resistance development, and mechanisms to prevent the selection of resistant isolates.This study was comprised of 3 objectives.Firstly, to molecularly characterize ciprofloxacin-resistant isolates collected over 7 years for resistance-associated substitutions, efflux, serotype, and molecular subtyping using pulsed-field gel electrophoresis.Secondly, to ascertain if the prevalence of fluoroquinolone resistanceassociated substitutions has increased in fluoroquinolone-susceptible isolates.Lastly, the mutant prevention concentration (MPC) was evaluated for its potential to restrict the selection of fl uoroquinolone-resistant isolates during antibiotic therapy.S. pneumoniae isolates were collected as part of the Canadian Respiratory Organism Susceptibility Study between 1997198 and 2004.Fluoroquinolone resistance was found to primarily result from the spontaneous development of resistance substitutions, not clonal expansion.An increase was observed in the number of isolates with substitutions in both target enzymes in conjunction with a decrease in the number of effl ux-positive isolates.The percent of fluoroquinolone-susceptible isolates with fluoroquinolone resistance-associated substitutions increased in Canada between 1997 and 2003.Using this dafa, microbiological breakpoints were determined to separate wild-type ^S.pneumoniae isolates from those considered susceptible by standard susceptibility criteria but possessing resistance-associated substitutions.Microbiological breakpoints permit a means to conduct surveillance of genetic alterations resulting in fluoroquinoloneresistance.The MPC has been proposed as a dosing strategy that may limit the selection of resistance during antimicrobial therapy.It was demonstrated throughout this study that the MPCs vary widely based on the original genetic makeup of the S. pneumoniae isolate.Fluoroquinolone resistance has increased in Canada throughout the course of this study and the ciprofloxacin-resistant isolates were found to be genetically evolving.The resistance increase does not appear to be attributable to a pooling of resistance substitutions in fluoroquinolone-susceptible isolates.MPC dosing may be effective at limiting the selection of fluoroquinolone resistance from a wild-type population, but will be unable to remedy the difficulties recently highlighted with S. pneumoniae isolates carrying first-step substitutions.DNA Isolation vl b.AmplifTcation of the Quinolone Resistance-Determining Regions of gyrA and parC c. d. e. f. at a. b. 7. Serofyping 8. Single-step a. b. c.AmplifÏcation of gyrA, pørC,, and pørE Agarose Gel Electrophoresis Purification and Quantitation of DNA Template Sequencing Reaction Purification of Sequencing Products by EthanoVSodium Acetate 42 42 43 for Sequencing 44 44 Precipitation
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».