Investigation of potential Z-DNA binding proteins in Halobacter salinarum & Preparation and characterization of DNA samples
Notice bibliographique
Résumé
Halophiles require high salt concentrations, from 3.5 up to 5 M, in their environments to function and survive. The adaptations that allow halophiles such as Halobacter salinarum to survive in high saline conditions are well studied. However, the differences in proteins produced by halophiles as compared to organisms inhabiting low salinity environments are not well understood. In this project, oligonucleotides will be developed to study potential Z-DNA binding proteins. Z-DNA forming d(CG)n repeats will be synthesized with a linker tail attached to a non-cleavable solid support, allowing the sequences to be retrieved from H. salinarum lysate together with potential Z-DNA binding proteins. The synthesis of d(CG)18(Spacer9)10 was successful with a 98% detritylation yield. Addition of DBCO phosphoramidites to d(CG)18(Spacer9)10 was unsuccessful. Mass spectrometric analysis of purified products suggested failure in the synthesis. DNA is a stable compound when stored as a dried stock, however, there has been recent interest in using DNA as barcodes to identify oil and natural gas sources underground. For this application, the underground temperature and pH vary, and the effects of these conditions on the stability on DNA have not been studied. In this project, the degradation of a 21 nucleotide DNA sequence will be studied. The DNA sequence was found to be stable at pH above 6 at 30-90°C, but quickly underwent degradation at pH below 5.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».