Performance of IHC3-Uro Immunohistochemistry-based Molecular Subtyping in Muscle-Invasive Bladder Cancer
Notice bibliographique
Résumé
Molecular subtyping in muscle-invasive bladder cancer (MIBC) has shown important relationships to both prognosis and chemosensitivity. However, insufficient validation and complex testing methods have prevented molecular subtyping from being clinically implemented. To address these shortcomings, 13 immunohistochemistry (IHC) assays were previously validated to identify Three key intrinsic subtypes of MIBC. We distilled this work into a three-antibody algorithm termed IHC3-Uro which uses GATA3, p16 and KRT5 to identify key IHC-based subtypes in MIBC. If effective in determining subtype, this simple IHC-based test could serve as a useful tool in pathologic practice to guide clinical decision making. We applied IHC3-Uro to three independent MIBC cohorts in order to identify molecular subtypes and explore their relationships to clinicopathologic variables and outcomes. In this work, 89% of samples were assigned to Uro, GU and Basal intrinsic molecular subtypes. This subtyping appeared to be the most effective in TURBT samples, where GATA3 staining was most consistent. These subtypes showed prognostic associations, where the GU subtype and a subset of Uro tumours termed Uro-KRT5 had increased risk of death compared to the Uro subtype. Altogether, this work suggests that a simple IHC-based test may serve as an effective alternative for identifying prognostically relevant subtypes previously discovered using complex transcriptomic methods. Additional validation and investigation of these IHC-based subtypes may provide opportunities for clinical use and optimizing patient stratification according to risk of death.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».