The stress response of pokeweed and phylogeny of a defense gene family in plants
Notice bibliographique
Résumé
Pokeweed (Phytolacca americana L.) is a non-model plant known for its resistance to a variety of biotic and abiotic stressors. Part of the reason for this is the presence of ribosome inactivating proteins (RIPs), which can hydrolyze adenine bases from nucleic acids. These proteins are upregulated in pokeweed by jasmonic acid, a plant hormone involved in stress response. The goal of this research was to gain a better understanding of how plants respond to stress and so two different, but complementary, approaches were taken. Firstly, an in-depth look at the diversity and evolution of RIPs in plants was undertaken by curating a dataset of RIPs from publicly available data and using computational approaches to characterize their domain architecture, identify conserved amino acids, and construct a gene tree. This research revealed that despite the damage that RIPs can potentially cause to the plant’s own nucleic acids, RIPs are common among plants and their diversity indicates the potential for a multi-faceted impact on plant defense. Looking more closely at how pokeweed responds to stress, we applied jasmonic acid to leaves and analyzed changes in gene expression, through RNA sequencing (RNA-Seq). Identification of gene clusters involved in defense was aided by the generation of a pokeweed genome assembly. This research revealed that there is a variety of strategies that plants can implement to respond to stress, and that these strategies are applied differently by different species. Overall, this research contributes to a better understanding of the diversity and nuance present in the ways plants defend themselves.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».