Tracking freshwater fishes of conservation concern in Manitoba using environmental DNA
Notice bibliographique
Résumé
The loss and degradation of freshwater habitats in Canada threaten the rich array of plant and animal species supported within these ecosystems, threatening the biodiversity that these ecosystems sustain. Assessing the distribution of the species in these threatened ecosystems is necessary for the effective monitoring of the well-being of their populations and the ecosystem, but it can be difficult, as some species can evade traditional survey methods due to their elusiveness, size, range, or rarity. Environmental DNA (eDNA), which describes the pool of DNA present in an environment that can be collected in and isolated from environmental samples, offers an alternative to traditional surveying that can be more sensitive and less invasive. Therefore, I developed and validated TaqMan™ MGB probe-based eDNA assays for six freshwater fishes of conservation concern in Manitoba: Bigmouth Buffalo Ictiobus cyprinellus, Chestnut Lamprey Ichthyomyzon castaneus, Golden Redhorse Moxostoma erythrurum, Hornyhead Chub Nocomis biguttatus, Northern Brook Lamprey Ichthyomyzon fossor, and Silver Lamprey Ichthyomyzon unicuspis. The designed assays were validated in situ using paired eDNA and capture-based sampling and used to map the distribution of the above species from water samples collected and filtered from 129 sites across Manitoba in 2021–2023. I detected the eDNA of four of the target species outside of their historic range: Bigmouth Buffalo in the Roseau, Morris, and Assiniboine rivers; Golden Redhorse in Hazel Creek; Hornyhead Chub in waterbodies of the Winnipeg River watershed where it has not been reported previously; and Northern Brook Lamprey in Boggy River. Apart from Northern Brook Lamprey, the eDNA of all target species was not detected in at least one site within their historic range. Further research is needed to confirm if the lack of eDNA detections of the target species within their historic range is a result of range restriction, or if a refinement of the methods used is needed.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».