Ancient DNA analysis of archaeological fish remains: Methods and applications
Notice bibliographique
Résumé
Despite their cultural importance, relatively few ancient DNA (aDNA) studies have focused on fish. Consequently, the methods available for the aDNA analysis of fish remains are underdeveloped relative to those available for other fauna, particularly mammals. This thesis addresses this methodological gap through a series of three projects focused on developing and applying new DNA-based methods for analysis of archaeological fish remains. The first project presents a DNA-based method for the sex identification of archaeological Pacific salmonid (Oncorhynchus spp.) remains. In this method, two PCR assays that each co-amplify fragments of the Y-linked sexually dimorphic on the Y chromosome (sdY) gene and an internal positive control (clock1a or D-loop) are used to assign sex identities to samples. This method’s reliability, sensitivity, and efficiency was evaluated by applying it to 72 modern Pacific salmonids from five species and 75 archaeological remains from six species. The results of these tests indicate this method is a reliable and efficient method for the sex identification of Pacific salmonid remains. Building on the first project, the second project modified the sex identification method developed for Pacific salmonids to make it applicable to archaeological Atlantic salmonid (Salmo spp.) and char (Salvelinus spp.) remains. This method was subsequently applied to 61 Atlantic salmon (Salmo salar) and lake trout (Salvelinus namaycush) remains from the 13th century CE Antrex site (AjGv-38) in southern Ontario, Canada. Using this method, we successfully assigned sex identities to 51 of these remains (83.61% success rate), highlighting the method’s sensitivity and efficacy. In the third project, a new two-tiered approach to the DNA-based species identification of archaeological fish remains was developed. In this approach, novel universal primers are first used to amplify a short fragment of the mitochondrial cytochrome oxidase I DNA barcode region, which is used to assign an initial taxonomic identification to samples. This initial identification is then used to guide the selection of taxon-specific primers targeting a secondary marker capable of refining the initial identification to the species-level. Application of this method whole or in part to 33 modern fish samples and 89 archaeological fish remains suggests it is an efficient species identification method.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».