Development of an amplicon-based NGS protocol for HIV-1 subtype B drug-resistance surveillance using degraded samples
Notice bibliographique
Résumé
With the widespread use of antiretroviral therapy, HIV drug resistance (HIVDR) rates are increasing globally. Many reported cases of HIV are found in areas without readily accessible testing centres capable of processing blood samples. Blood samples received from these areas can become degraded due to storage conditions during transportation to another facility or country capable of testing. Degraded samples present challenges for HIVDR testing, due to compromised viral RNA integrity interfering with RNA amplification and sequencing. Similarly, archival samples and dried blood spots (DBS) can also pose challenges. DBS samples are a highly accessible and cost-effective sample collection method used for HIVDR testing in resource-limited settings within Canada and across the world; however, they can be difficult to process through traditional methods due to susceptibility to degradation and low input volumes. To address this, we have developed a multiplex, amplicon-based, direct-to-sequencing HIVDR testing protocol compatible with degraded samples. This approach uses a hemi-nested approach with primer pools spanning the entire pol region of the HIV-1 genome. Protocol primers also incorporated Illumina P5/P7 adaptors, single index barcodes, and unique molecular identifiers (UMIs or Primer ID). This approach allow direct sequencing of amplicons, decreasing overall cost, mitigating PCR biases, and increasing clinical throughput. Here, we show the utility of this approach, successfully targeting the entire pol gene region of the HIV-1 subtype B genome in degraded and DBS samples. Preliminary work suggests the protocol may be adaptable for other major subtypes circulating in Canada as data shows the primer pools can amplify other major HIV-1 subtypes, albeit this may require further optimization. This protocol provides a potential option for NGS-based HIV drug-resistance testing from degraded samples and phylogenetic studies, while also building towards the ultimate goal of increasing accessibility of HIV diagnostics for all Canadians.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».