Detection of Phosphorothioated Oligonucleotides in Equine Serum
Notice bibliographique
Résumé
The ability to manipulate the genome and its expression products is of great concern in both human and animal sports due to potential improvements in athletic performance. There are a variety of approaches that have been developed that may allow for alterations of genetic material, including the use antisense oligonucleotides (ASOs) and small interfering RNAs (siRNA), which can interfere with mRNA prior to protein expression. This thesis focused on developing a sensitive, non-targeted Liquid Chromatography – High Resolution Mass Spectrometry (LC-HRMS) method to detect phosphorothioated oligonucleotides in equine serum. Sample preparation involved using solid phase extraction on a mixed mode sorbent, followed by evaporation and concentration steps prior to analysis by LC-HRMS. Extracted oligonucleotides were chromatographically separated using a reverse-phase gradient with ion-pairing reagents prior to introduction to a hybrid quadrupole orbitrap mass spectrometer using negative mode electrospray ionization and all-ion-fragmentation (AIF) and parallel reaction monitoring (PRM) scan modes. The method was validated with percent difference, precision, matrix effects, recovery, limits of detection and quantification, and stability assessed using a representative 13mer synthetic oligonucleotide (PS-1) containing phosphorothioate modifications. The limits of detection (LOD) for the PS-1 oligonucleotide ranged from 10-50 ng/mL, and the limits of quantification (LOQ) ranged from 25-50 ng/mL based on the scan mode with acceptable percent difference and precision. The method was then applied for the detection of two phosphorothioated oligonucleotide sequences targeting either myostatin or EGL9 transcripts that represent gene targets. This LC-MS method successfully detected phosphorothioated oligonucleotides and has potential to be used as a screening method for modified ASOs in equine serum.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».