Frecuencia de la generación de novo de sustituciones asociadas a resistencia en virus de la hepatitis C genotipo 3a en España
Notice bibliographique
Résumé
Antecedentes y objetivo: El genotipo (GT) 3 del virus de la hepatitis C (VHC) es en la actualidad, a la espera de los resultados de nuevas combinaciones, uno de los genotipos más difíciles de tratar. La sustitución asociada a resistencia (RAS) Y93H en la región NS5A es, sin duda, un posible “talón de Aquiles” para el tratamiento, especialmente en pacientes cirróticos. En nuestro trabajo, hemos evaluado la epidemiología molecular de los genotipos 3 que han fallado en la cohorte GEHEP004, con el objetivo de identificar posibles flujos de transmisión y elucidar el papel que España puede representar en redes de migración internacionales de este genotipo. Métodos: Se combinaron secuencias de la región NS5A y NS5B de genotipos 3, de la cohorte GEHEP004 (España) y de secuencias de otras localizaciones geográficas disponibles en diferentes bases de datos públicas. Para el análisis de las relaciones entre los linajes de VHC-GT3 y estimar las relaciones epidemiológicas, hemos empleado métodos de Inferencia Bayesiana. Los rangos de trasmisión “desde/hasta” se han inferido utilizando modelos filogenéticos discretos. Analizamos el patrón de aparición de diferentes codones en NS5B y NS5A. Resultados: No hemos encontrado una relación clara entre el lugar de aislamiento del virus y las siguientes sustituciones asociadas a resistencia (RAS): NS5B [S282T, C316N/Y y V321A] y NS5A [M28T/V y L31M/V]. Sin embargo, encontramos una sobrerrepresentación de Q30L en los virus presentes en Pakistan (p=0.009) y de Y93H en los virus de la cohorte GEHEP-004 (p=0.052). Los métodos filogenéticos de reconstrucción de ancestros han demostrado que Y93H se genera de novo y que no existe “founder effect” para esta sustitución, a diferencia de lo que se demostró previamente para los aislados de VHC-GT1a con la RAS Q80K en NS3. Nuestros datos demuestran que España se comporta como un “exportador” de VHC-GT3a hacia Portugal y Alemania, y a los países de la “Anglosfera” (Australia, Canada, India, Pakistan, UK y USA), y que “recibe” aislados fundamentalmente desde Alemania y Reino Unido, existiendo diferencias importantes en función de la región genómica del VHC que se evalúe. Conclusiones: España puede comportarse como un “punto caliente” para la diseminación de Y93H en el futuro, en especial si persiste la frecuente generación de novo de aislados con esta RAS. En base a las diferencias que se obtienen en los patrones migratorios en función de las diferentes regiones genómicas analizadas, pensamos que nuestros resultados deben ser confirmados utilizando regiones genómicas de mayor longitud.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».