Genome-Wide Association Study for Seed Quality Traits in Chickpea
Notice bibliographique
Résumé
Chickpeas (Cicer arietinum L.) are an important source of nutrition for the world’s population. Global demand for high quality chickpeas is growing [1]. Canadian chickpea production is expected to increase as a result. Breeding efforts for Canadian varieties are increasingly targeting seed quality. Seed protein and oil content are important, quantitatively inherited traits [2]. To improve nutrition and functional quality of chickpeas an understanding of the genetic basis and underlying traits is crucial. Genome-wide association studies (GWAS) have been employed in breeding populations to aid marker assisted selection (MAS) and genomic selection (GS) applications [3]. A panel of diverse chickpea accessions including materials developed at the Canadian breeding program were grown during the summers of 2016-18. The population was grown at two locations each year, with three replicates per location. The panel was phenotyped for total crude protein and oil content. Over 60K single nucleotide polymorphisms (SNP) derived from whole genome sequences were used to analyze genetic diversity and population structure of the accessions. After data quality screening 170 out of 184 accessions remained, consisting of 45 Desis and 125 Kabulis. Roughly 30 600 SNPs remained after filtering for quality and a 10% minor allele frequency (MAF). Population structure analysis revealed several distinct groups primarily divided by market class. Linkage disequilibrium decay was determined to be between 390 and 380 kilobases. There was a moderate negative correlation shared between the traits (r=-0.57) as well as a genotype by environment interaction. It was determined that year was a greater source of phenotypic variation than growing location. QTLs and candidate genes associated with total protein and oil content were identified through GWAS, with potential markers for both traits on the q arm of chromosome 5.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».