Identification of molecular targets specific to pediatric astrocytomas
Notice bibliographique
Résumé
Brain tumours are currently the leading cause of cancer related mortality and morbidity in the pediatric years and astrocytomas are the most common type of central nervous system tumours.High grade astrocytomas in children are rare; however, they have a high rate of morbidity and mortality.Our first focus was to identify gene expression profiles specific to grade IV pediatric astrocytomas also known as glioblastomas (GBM).We demonstrated that pGBM is distinct from adult GBM in their gene expression profile and also showed that there are at least two subsets of pGBM that can be distinguished based on their association or lack of association with an aberrantly active Ras and Akt pathway in a sample.These results were further confirmed using an independent data set consisting of formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) pGBM samples.We further aimed to characterize whether grade III and IV pediatric astrocytomas had distinct gene expression profiles.Our results indicate that Grade III astrocytomas have unique gene expression signatures when compared to pGBM, including upregulation of the mTOR pathway, which was found to be the most differentially regulated between the two tumour grades.Analysis of our microarray results to identify genes differentially regulated specifically in pGBM and accounting for gliomagenesis led us to focus on sorting nexin 3 (SNX3), a protein involved in endosomal trafficking, based on its role in modulating EGFR, Ras and PI3K/Akt activation; which are major targets and signaling pathways in GBM.We showed that SNX3 is upregulated specifically in primary GBM tumours, and that this upregulation correlates with increased EGFR and MET expression in samples.Overexpression of SNX3 in pGBM cell lines, delayed EGFR degradation, sustained EGFR and MET signaling, increased cell proliferation, and induced tumorigenesis in vivo.Our work indicate that there are specific targets in gliomagenesis in children and identify the mTOR pathway and deregulation of endosomal recycling as potential drivers of gliomagenesis in respectively pediatric grade III and IV astrocytomas.committee members, Dr.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».